《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。

七七事变”前夕，日军为发动全面侵华战争，启动“杉计划”，日方企图抢劫中央印钞厂的法币印钞模板，用伪造法币来冲击中国经济。潜伏在中国的日本特务刘铁生负责执行这次行动。由于飞机失事，模板在转移过程中坠入黄浦江，要将模板顺利打捞起来，只有黄浦江上的蛙女才能胜任。蛙女长在黄浦江畔，父亲是船民帮会的帮主。刘铁生玩弄阴谋使尽手段，企图通过蛙女夺走江底沉没的法币模板。蛙女为保护模板不落到日寇手中，和刘铁生之间展开了一场你死我活的斗争。印钞模板几经争夺，还是被抢走送上了日军旗舰“出云号”。蛙女和她心爱的男人张冲推动水中的鱼雷，誓和这艘日舰同归于尽，黄浦江上一声震动天地的爆炸声中，映照出了蛙女传奇绚丽的人生。

即将上市公司的展览策划师林和平（宋威龙饰）因青梅竹马的南笙（林允饰）突然过世而无法走出阴影，一直心心念念着南笙。一次去巴塞开艺术品展览的时候使他遇到了乐观直爽的乔曼（林允），由于乔曼和南笙长得非常像，加上乔曼有着与南笙相似的柔情，使得和平情不自禁的对乔曼产生了好感，但这惹怒了乔曼的追求者也是她的救命恩人汉森（何润东饰），两人因乔曼而产生了冲突，开始了男人之间的较量。

1927年，武汉。第一次国共合作破裂，反动军警布下天罗地网搜索一个身藏秘密线索的六岁男孩——金宝。餐厅女招待宁广冬经过艰难抉择，冒险收养了这个共产党人的遗孤。为保护金宝，她屡次陷入绝境，依靠不屈的意志，在恋人共产党人肖勃及小白龙的帮助下化险为夷，并协助肖勃摸清了金宝身上隐藏的线索，揭开了日本人侵华的惊天阴谋。宁广冬含辛茹苦抚养金宝。抗战胜利后，金宝加入国民党，宁广冬因一桩凶杀案成为国民党实施政治阴谋的替罪羊。负责审判她的正是金宝。经肖勃缜密的调查取证，金宝认清国民党假和谈真内战的嘴脸，与母亲团圆，走向了光明。宁广冬和肖勃为阻止反动派更卑鄙的阴谋而最终献出了生命。

1941年，中国远征军入缅作战，日本横扫东南亚的阴谋昭然若揭，半壁沉陷的中国连接外界的唯一通道滇缅公路岌岌可危!蒋介石紧急召见滇军中将段仲仪(张丰毅饰)，令其负责与盟国指挥层的军事协调。段仲仪积极参与缅战策划，其家儿女纷纷走上抗日战场浴血奋战，九死一生，驱逐倭寇于国门之外，谱写了一曲可歌可泣的英雄中华儿女痛击外侮，为国捐躯的壮丽篇章。

留居海外的苏芒在旅游集团就职。苏芒和田学成结婚后发现其性情大变，田学成还要求与苏芒离婚。离婚后的苏芒向公司申请回国，公司批准苏芒回国内分公司担任执行总裁。回国的时候与公司的酒店试睡员郑楚产生了误会。苏芒来到公司进行整顿裁员，郑楚幸免。公司职员私下讨论女上司因被前夫抛弃而回国，郑楚帮助苏芒解围，苏芒对其产生好感。发现自己怀孕后的苏芒去国外待产，郑楚追到国外寻找苏芒无果却遇到遭家暴而无家可归的前女友陈姗姗，出于同情便答应陈姗姗回国后住在自己的家里。苏芒带着孩子回到国内见到了日思夜想的郑楚，郑楚也表示会将孩子当成自己的来照顾。两人甜蜜相恋。苏芒在郑楚家里发现了陈姗姗，两人冲突爆发，田学成回国要和苏芒复婚。陈姗姗的出现让田学成非常尴尬的走了，原来对陈姗姗施暴的男人就是田学成。误会得以解开，有情人终成眷属。

武将之后闻素锦被指婚给当朝亲王萧煜，她因不想入宫便连夜逃婚，由姐姐闻素语替嫁。阴差阳错闻素锦获得梦见未来的能力，梦到替自己嫁为王妃的姐姐惨死，决定化名锦言成为宫女入宫拯救姐姐。在伺候当朝亲王萧煜过程中与其斗智斗勇，暗生情愫…素锦一边在揪出王妃危机背后的真凶，一边又夹在煜王和锦王兄弟之间，经历种种误会，上演了一幕幕啼笑皆非又虐心的故事。

西部平原双流县的地平村已经进入了小康，村主任德兴叔的任期就要到了，因打架斗殴从拘留所放回来的毛三出现在他面前，要求村委会退还他的土地，否则要烧村委会，可是他的土地已经调整给了别的村民。因为金融危机破产的包金旺带着未婚妻小蜜蜂回到了村里，他隐瞒了自己拖欠农民工工资的真实情况，大肆显富进行拉票，许诺只要他当村长，一定会把地平村变成华西村。德兴叔的儿媳妇葵花姐守寡多年，是个泼辣干练的女人，她有句口头禅：人有两瓣心，一瓣真心对人，一瓣良心对己。她在村里热心助人，口碑极好。养牛专业户犟牛也想当村长，在贾小烈的怂恿下，以牛做形象代言，自己打扮成西班牙斗牛士的模样，在村里游行拉选票。

女刑警欧庆春已牺牲的未婚夫胡新民的眼角膜被捐给了阳光帅气的小伙子肖童。肖童与欧庆春结识后爱上了欧庆春。富家女欧阳兰兰在被肖童救了一命后疯狂地爱上了肖童，但被肖童拒绝。欧庆春在追查案件时，发现欧阳兰兰的母亲欧阳惠是贩毒团伙的头目。肖童得知欧庆春所在的刑警大队需要一名内线打进欧阳惠集团的内部进行侦察，为了欧庆春，也为了缉毒的正义事业，肖童主动请战，要求充当警方内线。肖童打入欧阳惠集团后，历经曲折和磨难，最终配合警方将欧阳惠贩毒团伙一网打尽。最后关头，为了保护肖童，欧庆春献出了生命。

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立夏和发小七七考入浅川一中，认识了传说中的傅小司和陆之昂，随着遇见等人的加入，正式拉开了属于他们的青春美好的高中生活。毕业后，成人世界的门向他们敞开，每个人都过上了千差万别的生活。傅小司发行画集，红遍了全中国。立夏成为了傅小司的助手兼另一半。七七参加歌唱比赛夺冠，成为全中国的青春偶像。为了成为歌手而北漂的遇见，依旧在为梦想坚持。在每个人都被急速到来的世界冲撞得看不清未来的时候，更大的逆境接踵而至，几乎完全逆转并影响了每个人的人生：傅小司的坎坷、立夏的离开、陆之昂的入狱、程七七的背叛、遇见男友的去世。在离夏天最远的地方，十年的光阴让人发现，除了记忆外，什么也不能永久，但他们都学会了爱和成长。

退伍转业干部唐天石，从市扶贫办调任到紫塞市青山镇做党委副书记，负责主抓那家沟村和上河峪村的扶贫脱贫工作。他在那家沟村走访中发现村委会被村委书记那文斌公器私用，那文斌连夜与岳父商量对策，岳父决定装病住院避开走访。唐天石在看望住院的村主任安满仓夫妇时，正好撞见了那文斌岳父。老头子把陌生的唐天石当成病友，大谈特谈那文斌如何帮自己假办低保，让那文斌的错误一一揭露。